Найєм запевнив, що буде підтримувати всі подання Генпрокурора щодо зняття недоторканості з народних депутатів України

11 липня 2017 року ВРУ голосувала за зняття недоторканності з 5 народних депутатів України (Дейдей, Лозовий, Довгий, Поляков, Розенблат). Хоча недоторканність зняли тільки з трьох народних обранців (Довгий, Поляков, Розенблат), Мустафа Найєм підтримував ідею зрівняти цих народних обранців в правах із простими українцями.

22 березня 2018 року ВРУ проголосувала за зняття депутатської недоторканності з Надії Савченко, а також її арешт і затримання, Найєм це підтримував.

Однак, вже 4 жовтня 2018 року ВРУ розглядала Подання від Генпрокурора щодо надання згоди на притягнення до кримінальної відповідальності народного депутата України Сергія Дунаєва. Цього разу Мустафа Найєм не голосував за це рішення (під час голосування було вказано,що нардеп відсутній). Зокрема, відповідно до письмової реєстрації він значиться як "відсутній з невідомих причин", і був присутнім на ранковому засіданні, відповідно до електронної реєстрації.